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9回 生体 分子相互作用解析フォラムワクショップ

「超心分析用解析プログラムSEDFIT講習会および講演会」


: 20171031日火曜日 10 19

: ベックマン・コールター株式会社 東京ビジョンセンター

135-0063 京都江東区有明357 TOC有明ウエストタワー12


概要: 近年、超心分析のデタ解析のスタンダドになっているプログラムSEDFITについて解し、実際のデタを用いて解析の実習を行います。SEDFITNIHPeter Schuck博士によって開発された超遠心分析用のプログラムで、沈降速度法ならびに沈降平衡法の解析が可能で可能です。例えば、沈降速度法では、沈降データから沈降数の分布c(s)を求めることができ、移境界面の散によるがりの影を受けない真の分布数が求められます。このプログラムは、解会合系の解析においても有用であることが明らかにされています。実習では、標準的な蛋白の解析だけでなく、蛋白医に含まれる1-2%以下の会合体の出や、自己会合系のデタ解析も行う予定です。なお、参加者には各自ノトパソコンを持参頂き、SEDFITプログラムをインストルした上で、実習を行います。実習では解析のの注意事だけでなく、超遠心分析の基礎、さらには、よりよい果を得るための験のコツについても解する予定です。また、講習会の最後には、超遠心分析を利用した最新研究事例の紹介について講演会を行う予定です。


プログラム

10:00-11:00 理講義 沈降と散の基、速度法、平衡法

11:00-12:00 解析実習(SEDNTERPSEDFITGUSSISEDPHAT

12:00-13:00 ランチョンセミナー(ベックマン・コールター)、装置見学

13:00-16:00 解析実習SEDNTERPSEDFITGUSSISEDPHAT

      (途中休憩を挟む)

16:00-17:30 講演会「超遠心分析を利用した最新研究」

17:30-19:00  情報交換会


費(理論的講義+解析実習)

一般 5,000、学生 2,000 (講演会以降は無料)

参加者は、SEDNTERPSEDFITGUSSISEDPHATの各ソフトウェアの最新版をノートPC等にインストールして持参して下さい。


SEDNTERP

(Windows 32 bit版をお使いの方、以下のページ中 setupsednterp109.exe)

http://www.jphilo.mailway.com/download.htm

(Windows 64 bit版をお使いの方、以下のリンク中Sednterpinstaller.exe)

http://rasmb.org/sednterp/

SEDFIT

http://www.analyticalultracentrifugation.com/download.htm

GUSSI

http://biophysics.swmed.edu/MBR/software.html

SEDPHAT

http://www.analyticalultracentrifugation.com/sedphat/download.htm


連絡

のいずれかにご連絡下さい。

内山

suchi(at)bio.eng.osaka-u.ac.jp

雲財

satoru.unzai.61(at)hosei.ac.jp 

有坂 文雄

fumio.arisaka(at)gmail.com



第8回 生体 分子相互作用解析フォラムワクショップ「超心分析用解 析プログラムSEDFIT講習会」のお知らせ


2016
95日月曜日
時間13 17


大阪大学京オフィス(虎ノ
100-0013 京都千代田区霞が1丁目41 日土地ビル10


概要
近年、超心分析沈降速度法デタ解析のスタンダドになっているプログラムSEDFITについて解し、実際のデタを用いて解析の実習を行います。SEDFITNIHPeter Schuck博士によって開発された沈降速度法の解析プログラムで、生デタから沈降数の分布c(s)を求めることができ、移境界面の散によるがりの影を受けない真の分布数が求められます。このプログラムでは解会合がないことが想定されていますが、解会合系の解析においても非常に有用であることが明らかにされています。実習では、標準的な蛋白の解析だけでなく、蛋白医に含まれる1-2%以下の会合体の出や、自己会合系などのデタ解析を行う予定です。なお、参加者には各自ノトパソコンを持参してもらい、最新のSEDFITプログラムをインストルしてもらって解析の実習を行います。実習では解析のの注意事だけでなく、よりよい果を得るためのについても解する予定です。

プログラム
13:00-14:30
 理講義 沈降と散の基、速度法、平衡法
14:30-14:40
 休憩
14:40-15:00
 ベックマンコールター社によるプレゼンテション
15:00-17:00
 解析実習SEDNTERPSEDFITGUSSISEDPHAT


一般 5,000、学生 2,000 

参加者は、SEDNTERPSEDFITGUSSISEDPHATの各ソフトウェアの最新版をノートPC等にインストールして持参して下さい。

SEDNTERP(最新のデータベースも読み込んで下さい)

http://bitcwiki.sr.unh.edu/index.php/Downloads

SEDFIT

http://www.analyticalultracentrifugation.com/default.htm

GUSSI

http://biophysics.swmed.edu/MBR/software.html

SEDPHAT

http://www.analyticalultracentrifugation.com/sedphat/default.htm

連絡
のいずれかにご連絡下さい。
雲財
satoru.unzai.61(at)hosei.ac.jp
内山
suchi(at)bio.eng.osaka-u.ac.jp
有坂 文雄
fumio.arisaka(at)gmail.com



7回 生体分子相互作用解析フォーラムワークショップのお知らせ

「異なる原理に基づく相互作用解析の比較」

日時:平成27827日(木曜日)

場所:昭光通商(株)本社

東京都港区芝公園2-4-1 芝パークビルB3

http://www.shoko.co.jp/company/profile.html

会費 無料
ご案内 2015BMIAWS.pdf

プログラム:

10:00 - 10:30  「相互作用解析についての基礎〜得られる数値の意味〜」

                      有坂文雄(日本大学生物資源科学部

10:30 - 11:00     「相互作用解析についての基礎〜解析手法の比較と特徴〜」 

                         内山 進(大阪大学工学研究科)

11:00 - 11:10     休憩

11:10 - 11:50     「低分子阻害剤の探索におけるカロリメーターの活用」津本浩平(東京大学工学研究科)

11:50 - 12:30     BioSAXSを活用したタンパク質複合体の相関構造解析」

                         清水伸隆(高エネルギー加速器研究機構 / 物質構造科学研究所)

12:30 - 13:40     昼食

13:40 - 14:20     「表面プラズモン共鳴センサによる低分子化合物の高感度検出」

                         小野寺武(九州大学味覚・嗅覚センサ研究開発センター嗅覚センサ部)

14:20 - 15:00     「蛋白質複合体の遷移状態を解析する」

                          小川覚之(東京大学医学系研究科)

15:00 - 15:20     休憩、企業プレゼンテーション

15:20 - 16:00     「人工タンパク質ナノブロックによるナノ構造複合体の創出及び解析」

                            新井亮一(信州大学繊維学部)

16:00 - 16:40     Rap1Bスイッチ機構と情報伝達下流タンパク質との相互作用」

                            雲財 悟(横浜市立大学生命医科学研究科)

17:00 -                             懇親会(無料)

問い合わせ先:
有坂 文雄(日本大学生物資源学部)fumio.arisaka@gmail.com       
内山 進(大阪大学工学研究科) suchi@bio.eng.osaka-u.ac.jp



2014.10.11 10:00~17:00
SEDFIT講習会のお知らせ
ご案内:2014SEDFIT.pdf
場所 : 日本大学生物資源科学部生命科学研究センター1階会議室
      (小田急江ノ島線六会日大前より徒歩10分)
参加費:一般5,000円、学生2,000円

連絡先:参加ご希望の方は以下の情報をメールにて、

suchi@bio.eng.osaka-u.ac.jp(内山進)又は
fumio.arisaka@gmail.com (有坂文雄)

までお送り下さい。
タイトル:2014SEDFIT講習会参加希望

1.氏名(フリガナ)

2.所属


なお、申し込みをいただいた方には申し込みを受理した旨、メールを差し上げますが、

万一、数日経って受理のメールが届かない場合はその旨お知らせ頂だければ幸甚です。



2014.6.28 10:30~16:30 
Workshop on the analysis of ITC Data
のお知らせ
ご案内:Workshop 20140628
場所 : 大阪大学医学工学研究科 東京ブランチ(東京都中央区日本橋本石町4-4-20)
参加費:5000円(終日参加前提)
持ち物:ノート型パソコン

参加登録:参加ご希望の方は以下の情報をメールにて、

suchi@bio.eng.osaka-u.ac.jp(大阪大学 内山進)
farisaka@bio.titech.ac.jp (東京工業大学 有坂文雄)

までお送り下さい。
タイトル:Workshop on the analysis of ITC Data参加希望

1.氏名(フリガナ)

2.所属

3.熱測定学会の会員の方はその旨ご記載下さい。

なお、申し込みをいただいた方には申し込みを受理した旨、メールを差し上げますが、

万一、数日経って受理のメールが届かない場合はその旨お知らせ頂だければ幸甚です。



2014.4.22 10:30~16:30 
HDX-MSワークショップ開催
のお知らせ
ご案内:HDX workshop20140422
場所 : 大阪大学先端科学イノベーションセンター(大阪大学吹田キャンパス内)
参加費:無料

参加登録:参加ご希望の方は以下の情報をメールにて、

suchi@bio.eng.osaka-u.ac.jp(大阪大学 内山進)までお送り下さい。
タイトル:HDX-MSワークショップ 参加希望

1.氏名(フリガナ)

2.勤務先

3.施設・部署名

4.勤務先住所
5.電話番号
6.FAX番号
7.Eメールアドレス


なお、会場の都合により、先着30名とさせていただきます。
定員になり次第、募集を締め切らせていただきます。

なお、申し込みをいただいた方には申し込みを受理した旨、メールを差し上げますが、

万一、数日経って受理のメールが届かない場合はその旨お知らせ頂だければ幸甚です。



AUC2013のご案内
2013.9.23-28
AUC2013FlyerNewVer1

詳細は、http://auc2013.com にアクセス!


2013.3.8 10:00~18:00
第3回生体分子相互作用解析フォーラム研究会開催のお知らせ
場所:昭光通商(株)会議室
   〒105-8432 東京都港区芝公園2-4-1 芝パークB館3F
アクセス:都営大江戸線、浅草線 大門駅より徒歩5分
     都営三田線 芝公園駅より徒歩5分
     JR浜松町駅より徒歩8分

http://www.shoko.co.jp/company/profile.html#accessmap

参加費:2,000円(学生1,000円)
懇親会費:1,000円
(いずれも当日受付でお支払いください)

参加登録:参加ご希望の方は以下の情報をメールに貼り付け、
3rdBMIAforumWS 参加希望と明記の上、
admin@biomoleculesinteractions.com

まで参加申込をお送り下さい。

1.氏名

2.所属

3.連絡先(メールアドレス)

4.懇親会参加の有無

なお、会場の都合により、先着50名とさせていただきます。
50名になりましたら、募集を中止し、本ホームページにその旨、掲示致します。

なお、申し込みをいただいた方には申し込みを受理した旨、メールを差し上げますが、

万一、数日経って受理のメールが届かない場合はその旨お知らせ頂だければ幸甚です。

ワークショッププログラム

10:00~10:10  

 はじめに:有坂文雄(東京工業大学生命理工研究科                                    

10:10~11:20

 光散乱雑論:高木俊夫(大阪大学名誉教授)                       

11:20~12:10   

 動的散乱と沈降平衡法による分子間相互作用解析: 内山進(大阪大学工学研究科) 
12:10~13:10

昼食休憩

13:10~13:20
フォーラムの活動内容のご報告

13:20~14:30 

アミロイド線維研究における分析用超遠心、熱量計、密度計の応用例  
櫻井一正(大阪大学蛋白質研究所) 

14:30~15:30 

構造生物学に役立つ超遠心分析:雲財 悟(横浜市立大学生命ナノシステム科学)

15:30~16:00
休憩・企業展示説明 
 

16:00~16:50   

蛋白質の選択的溶媒和の熱力学:月向邦彦(広島大学名誉教授)       

16:50~17:00 

 終わりに :内山 進                           

17:00~18:00
懇親会 





2012.9.8~13 Asian Workshop on Hydrodynamic and Thermodynamic Analysis of Biological Macromolecules with SEDFIT and SEDPHA 報告


去る9月8日?12日に超遠心分析の解析講習会および9月13日に等温滴定熱量測定(ITC)の解析講習会を横浜市立大学鶴見キャンパスにおいて開催しました。SEDFITは超遠心分析の解析プログラムとして標準となりつつありますが、その習得にはエキスパートによる十分なレッスンが必要です。また、近年利用されつつある分子間相互作用解析プログラムSEDPHATの習得にもレッスンが必要です。なお、ITCは装置の高感度化および測定に必要な試料の少量化に伴って、蛋白質を標的とした創薬において幅広く利用されるようになってきましたが、解析データの正確な解析や誤差評価についてはまだまだ未開発の部分が多いのが現状です。

 今回、Schuck博士を中心にNIHから3名(Rodolfo Ghirlando博士、Grzegorz Piszczek博士)、テキサス大学から1名(Chad Brautigam博士)、の計4名の研究者を講師として日本に招き、SEDFIT/SEDPHATワークショップを開催しました。このワークショップは、SEDFIT/SEDPHATを開発したSchuck博士らが開催しているもので、米国NIH、オックスフォード、ロンドン、マドリードなど欧米を中心に既に20回ほど行われています。この度、Schuck博士から有坂への日本での開催の打診をきっかけに、アジア地域で初めての開催の運びとなりました。

今回は、超遠心分析またはITCの解析経験を自ら持つ研究者に参加を限りましたが、超遠心分析ワークショップは24名、ITCワークショップは34名の参加となりました。参加者には、米国からの参加者1名、スウェーデンからの参加者1名、韓国からの参加者1名、および台湾からの参加者2名が含まれており、講習は英語での開催でしたので、国際色豊かなワークショップとなりました。

 超遠心分析のワークショップは、超遠心分析で解析可能なほぼ全ての内容が網羅されており、さらに全員がラップトップを用いての実習でしたので、終日非常に充実していました。

また、超遠心分析に関するクイズが上手に組み込まれており、楽しみながら理解を深めることができる構成となっていました。加えて、SEDPHATで解析可能な分子間相互作用解析手法(動的光散乱、蛍光滴定、ITC)についても理論的背景を含めた講義と実習がありました。こうした複数の手法の結果のSEDPHATによるグローバル解析は、正確な分子間相互作用解析のスタンダードとなる可能性が高い手法であることから、参加された方にとっては非常に有益だったことと思います。さらに、結果の統計的取扱についての講義および実習も実施され、解析結果の信頼性向上についても習得できた成果の多い講習会でした。

 ITCのワークショップでは、午前中にミニシンポジウムを設け、長岡技術科学大学の城所俊一博士から2段階結合モデルを中心とした解析方法、東京大学医科学研究所の津本浩平研究室のCaaveiro博士から低分子創薬での利用、およびテキサス大学のBrautigam博士からSEDPHATを用いたベースラインの正確な設定による正確な解析方法、について最新の研究成果が発表されました。午後は全員がラップトップPCを用いてのSEDPHATの講習会が行われました。

 なお、既に記載しましたが、シンポジウムおよび講習会を含めワークショップは全て英語での進行であり、今回のワークショップは初めてのアジア地域での開催でありましたが、終始活気があり、参加された方らかも非常に好評でした。 今後、同様のワークショップあるいは日程を短縮したワークショップを開催予定ですので、その際には皆様の参加をお待ちしています。

 

 また、来年9月には第21回International AUC conferenceを熱海において開催します。分子間相互作用解析に関する研究報告を聴けると同時に発表可能な機会ですので、皆様の参加をお持ちしています。

 

東京工業大学 有坂文雄

横浜市立大学 雲財 悟

大阪大学   内山 進

1. 開催ワークショップ概要(日時、開催場所、参加費用)

A. Asian Workshop on Hydrodynamic and Thermodynamic Analysis of Biological Macromolecules with SEDFIT and SEDPHAT(ワークショップ略称:AUCWS

201298日?12日 
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開催場所が下記に変更になりました。
開催場所 横浜市立大学鶴見キャンパス
http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/access/index.html

参加費用(昼食代込)
企業研究者10万円、アカデミック研究者(ポスドク含む)5万円、学生2万円

 

B. Asian SEDPHAT Workshop: A workshop focused on ITC analysis
(ワークショップ略称:ITCWS

2012913
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開催場所が下記に変更になりました。
開催場所 横浜市立大学
鶴見キャンパス
http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/access/index.html
参加費用(昼食代込)社会人研究者(ポスドク含む)5000円、学生3000

いずれも英語での講習会となります。終日参加、各自ラップトップPC持参およびプログラム事前インストールが前提です。詳細は追ってご案内いたします。

AUCWSは、超遠心分析装置を保有または共同設置されている、あるいは共同研究者が保有している等により、データ取得が可能な方の参加を優先いたします。


2.
申込み期限

2012720、ただし参加人数に達し次第締め切り予定


3. 申込み方法

メールにて以下のいずれのWSについて参加希望か記載の上、氏名、連絡先を記載の上、下記のアドレスにご連絡下さい。

(1) AUCWS

(2) ITCWS

(3) AUCWS+ITC-WS


4. 参加申込先

東京工業大学 有坂文雄

farisaka@bio.titech.ac.jp

大阪大学 内山 進

suchi@bio.eng.osaka-u.ac.jp


Asian Workshop on Hydrodynamic and Thermodynamic Analysis of Biological Macromolecules with SEDFIT and SEDPHAT

Workshop at the Yokohama City University, Yokohama, September 8-12+13, 2011, co-organized by

BMIA forum

 

Lecturers:  Chad Brautigam (UT Southwestern, Dallas), Rodolfo Ghirlando (NIH, Bethesda),  Grzegorz Piszczek (NIH, Bethesda), Peter Schuck (NIH, Bethesda)

Organizing Committee: Fumio Arisaka (TIT), Susumu Uchiyama (Osaka University), Satoru Unzai (Yokohama City University), Damien Hall (Tsukuba University)

  
Approximate Schedule


Saturday
, September 8th

10:30 ? 11:00      Registration

11:00 ? 11:30      Welcome/Announcements

11:30 - 12:30       Introduction to Analytical Ultracentrifugation: Experimental

12:30 ? 13:30      Lunch Break

13:30 - 15:00       Lab Session 1. Running a Sedimentation Velocity Experiment 

15:00 -15:20        Coffee Break

15:20 -15:50        Lab Session 2.  Collection of Sedimentation Equilibrium Data

15:50 ? 16:30      Introduction to Isothermal Titration Calorimetry

16:30 ? 17:10      Introduction to Dynamic Light Scattering

17:10 ? 18:00      Introduction to Fluorescence Spectroscopy


Sunday, September 9th 

9:00 ? 12:00        Theory and Practice of Sedimentation Velocity Analysis (1): Non-Interacting Species   

10:30 ? 10:50      Coffee Break

12:00 ? 13:00     Introduction to SEDPHAT

13:00 -14:00        Lunch Break

14:00 ? 15:00     Optimization and Statistical Error Analysis

15:00 ? 15:30      Basic ITC Data Processing and Analysis

15:30 ? 16:00     Trivia Challenge (Round 1)

16:00 ? 16:20      Coffee Break

16:20 ? 18:30      Introduction of Participants ? POSTER SESSION


Monday, September 10th  

9:00 ? 13:00    Theory and Practice of Sedimentation Velocity Analysis (2): Interacting Systems

10:30 ? 10:50      Coffee Break

13:00 -14:00        Lunch Break

14:00 ? 15:00 Theory and Practice of Sedimentation Velocity Analysis (3): Multi-signal analysis

15:00 ? 17:30  ParallelFocus Sessions (Pre-Selection of up to 3 Topics Required, runtime ~40 min each, in parallel sessions, dependent on interest)

§  Trace determination

§  Advanced c(s) analysis

§  Multi-Signal SV

§  Isotherms Analysis

§  Hands-On Lab Session I -III

§  Isothermal Titration Calorimetry (ITC)

§  Surface Plasmon Resonance (SPR)

§  Nanoparticles Analysis

§  Basic c(s)

§  Fluorescence Spectroscopy

§  Membrane proteins

15:00 ? 15:40  Focus Sessions I

15:40 ? 16:00  Focus Sessions IIa
16:00 ? 16:20      Coffee Break

16:20 ? 16:40  Focus Sessions IIb

16:40 ? 17:20  Focus Sessions III


Tuesday, September 11th   

9:00 ? 10:00       Theory of Sedimentation Equilibrium Analysis

Overview of SEDPHAT Structures and Strategies for SE Constraints

9:45 ? 10:30        Practical:  Analysis of SE data in SEDPHAT

10:30 ? 10:50      Coffee Break

10:50 ? 11:30     Practical:  Sedimentation Equilibrium Analysis of an Interacting System

11:30 ? 12:15      Practical Error Analysis

12:15 ? 13:00  Trivia Challenge (Round 2)

13:00 ? 14:00      Lunch Break

14:00 ? 16:00      Optional Individual Data Analysis Sessions I

16:00 ? 16:20      Coffee Break

16:20 ? 17:30      Optional Individual Data Analysis Sessions II

17:40 ? 19:30   Get-together Dinner (Suzukake-Hall Lounge)


Wednesday, September 12th 

9:00 ? 9:30         Hydrodynamic Parameters Estimates from Crystal Structures  

9:30 ? 10:30       SPR Analysis of Binding Site Distributions in EVILFIT

10:30 ? 10:50      Coffee Break (and group picture)

10:50 ? 11:20     Practical:  DLS Analysis in SEDFIT and SEDPHAT

11:20 ? 12:00      Practical: Global ITC analysis of linked binding

12:00 ? 12:15     Practical:  Spectroscopy Data

12:15 ? 13:00      Practical:  Global Fitting of Data from Different Techniques

13:00 ? 14:00      Lunch Break

14:00 ? 14:30      Plotting utilities in SEDFIT and SEDPHAT  

14:30 ? 15:00      New and Special Features of SEDFIT and SEDPHAT

15:00 ? 15:30      How to Simulate Data  

15:30 ? 16:00     Trivia Challenge (Final Round)

16:00    Final Discussion and Departure


Asian SEDPHAT Workshop: A workshop focused on ITC analysis

 

Workshop at the Yokohama City Univercity, Yokohama, September 13, 2012, co-organized by

The Japan Society for Calorimetry and Thermal analysis
and BMIA Forum

 

Organization committee: Susumu Uchiyama (Osaka University), Masayuki Oda (Kyoto Prefectural University), Fumio Arisaka (TIT)

9:30 ? 10:00   Registration

10:00 ? 10:10 Welcome/Announcements       

10:10 - 11:30 Mini-Symposium on ITC
11:30 - 12:00 NITPIC: a New Integrator of Thermograms Produced by Isothermal Calorimetry

12:00 - 13:00  Lunch

       

Data Analysis Workshop

Lecturers:  Chad Brautigam (UT Southwestern, Dallas), Rodolfo Ghirlando (NIH, Bethesda), Grzegorz Piszczek (NIH, Bethesda), Peter Schuck (NIH, Bethesda)

 

13:00 - 13:45                   Lecture: Basic introduction to SEDPHAT, NITPIC, GUSSI

§  SEDPHAT program structure

§  data files

§  fitting tools

§  concept of incompetent species and concentration errors

§  error bars in ITC isotherms

§  NITPIC vs ORIGIN:  motivation and consequences

 

13:45 - 14:30  Practical Exercise I

§  Integrate thermogram in NITPIC

§  loading single data set in SEDPHAT

§  setting data limits, removing bad data

§  fit single site mode

§  assessing success

§  saving results

§  plot results in GUSSI

 

14:30 - 15:00  Lecture: Global modeling

§  Concept of global analysis

§  Global vs local parameters and incompetent fractions

§  Constraints

§  Examples of multi-site models, competition models

§  Linkage models (protonation, temperature, salt)

§  Multi-method modeling

 

15:30 - 16:30  Practical Exercise II

§  Mechanics of loading multiple data sets, setting constraints

§  Example: two-site binding

§  Example: competitive binding

§  Example: three-component cooperative multi-site binding

§  Example: protonation-linked binding  

§  Example:  simple multi-method analysis

 

16:30 - 17:00  Lecture:  Statistics

§  Concept of error surface, methods of optimization

§  Methods for confidence interval analysis

§  Consequences of error bars of data points in ITC

§  Simulation to predict significant experiments

 

17:00 - 17:30  Practical Exercise III

§  Create error surface in 1d and 2d

§  Confidence intervals by error surface projection

§  Monte Carlo analysis